清代的巡抚职位在官制中属于正二品大员，这是一个众所周知的事实。然而，清朝的巡抚并非全部都是正二品，有些巡抚的品级可能是从一品，还有一部分是从二品。
巡抚职位的规定在清代官制中颇为复杂。巡抚原本是被定位为从二品，但若同时兼任兵部侍郎或都察院右副都御史，就能晋升为真正的二品官员。然而，这种官位的地位并不完全正统，吏部文选司称之为“从二品加正二品衔”，在各部侍郎之下地位稍低。
到了乾隆时期，清代官制已经相当成熟。全国各地的督抚职务和各类衔职在这个时期逐渐固定下来，形成了“八督十五抚”的格局。在18个省份中，直隶、四川和甘肃三省的督抚兼任巡抚。乾隆十四年，规定巡抚除了由侍郎担任的以外，其他人都应加上右副都御使的衔位（正三品），至于是否要加上侍郎的衔位，则需要吏部请旨。
在清代，巡抚兼任侍郎的情况已经成为惯例。正是由于这种兼任关系，巡抚被称为“部院”。唯有山西、山东和河南等省份是特例，这三个省因为清代官制中的一些规定，其中包括巡抚的品级。
尽管如此，巡抚毕竟与总督不同，法律上并没有赋予他军事权力，因此他不能掌握辖区内的绿营将领，这给日常工作带来了很多不便之处。
在雍正十二年，朝廷决定山西巡抚兼任提督衔，以便控制通省的武职。这也是自大清开国以来，首次有巡抚担任兼提督衔的情况。河南、山东两省的巡抚看到雍正时期的统治并不十分稳定，感到很不安。到了乾隆五年，河南巡抚率先上奏，请求朝廷仿照山西的例子，加上提督衔。乾隆考虑再三后同意了他的请求。乾隆八年，山东巡抚也被授予了提督的衔位。
提督的地位可不容小觑，品级上提督是从一品大员，是各省绿营的最高长官。因此，三省的巡抚在这时拥有了提督的衔位，地位高于其他省份的巡抚。有了提督的衔位，品级不再是“从二品”，而是“从一品”，其性质和总督兼兵部尚书的衔位相同。
需要注意的是，各省的巡抚全衔中，并没有称呼他们为从一品大员，这是为了与总督加以区别，这也是御史为从一品打上引号的原因之一。
至于从二品的巡抚，其中包括了台湾和新疆的巡抚。这两个地区在清代的地位相对较低，巡抚的品级是从二品。新疆建省较晚，直到乾隆皇帝收复新疆后才开始。在乾隆时期，新疆巡抚的品级不如其他省份的巡抚，他们只是加了都察院右副都御史的衔头，没有兵部侍郎的衔头，因此最终成为了从二品的巡抚。
台湾巡抚的情况也类似，设立于光绪十一年，全称是“福建台湾巡抚”。台湾巡抚的品级同样不及其他巡抚，他们也只是从二品。台湾巡抚的设立导致过去的福建巡抚被裁撤，由闽浙总督兼管巡抚事务。
