海藻糖本身是没有什么危害的，但是糖分摄入过多，会加速人体衰老。增加患有高血糖，糖尿病等疾病的风险。需要注意的是，它的甜度虽然不高，仅为蔗糖的40%，但糖尿病患者也应控制海藻糖量。而且海藻糖和其他的糖类有所不同，它作为一种天然糖类，广泛存在于可食用动植物界和一些微生物的体内中。
海藻糖具有一种特别神奇的保护作用，当初科学家发现在高寒高温情况下的虫子，居然可以不冻死不干死。研究发现，原来他们体内都含有一种共同的物质——海藻糖，由此，海藻糖也获得了“生命之糖”的美誉，2000年的《自然》一书中，曾经对海藻糖有这样的评价：“对于某些生命体来说，海藻糖的存在与否，意味着它的生命或者死亡”所以在某些意义上来讲，海藻糖具有维持生物生命体的作用。这一独特功能，大大的拓宽了海藻糖的用处。
海藻糖和其他糖类一样，被广泛的应用于食品业。不同的是，因为海藻糖的特性，它还有防止淀粉老化、防止蛋白质变质、抑制奶油脂肪的降低、保持肉类的稳定和新鲜等功能。在面对海鲜时，海藻糖对海鲜的低温保护功能特别的有效，不仅如此，海藻糖的低甜度还可以给海鲜提供更好的口感。
海藻糖也可以用在医学上，作为细胞组织、疫苗等物质的稳定剂，还可以，在一定程度上阻止世界十大恐怖病毒之一的乙肝等病毒的传播。受到世界卫生组织的高度重视。海藻糖在化妆品中也有应用。它可以在细胞表面上形成一层保护膜，这个保护膜不仅可以防止晒伤，还可以有效的阻挡黑色素沉着，重要的是它独特的生长环境，让其保湿效果异常显著
