在科学研究中，温泉蛇拥有较高的学术价值，可以说它们是高原隆升的活体见证。青藏高原隆升之前，这里是温暖湿润的热带、亚热带气候环境，大约300万年前开始的高原大幅度隆升，气候才转冷变干，一大批物种被淘汰。
唯有伴随高原隆升而发展起来的水热活动区，维持着温湿的小气候，残存的蛇类以水热区里的青蛙、蝌蚪和鱼类为食，又有温暖的穴居条件，形成独特的食物链和微型生态环境而得以繁衍至今。因此，温泉蛇的存在，不仅是地热异常的标志，又是高原隆升的活体见证。
已有的形态和染色体研究表明温泉蛇不仅保留了若干原始性状，而且还出现了一些特化性状，与中国游蛇科的其他蛇类有较大的差异。
温泉蛇不仅是探讨第三纪以来青藏高原隆升过程与动物演化和扩散关系的宝贵材料，它们亦是研究蛇类的起源和演化的重要材料。同时还可通过对温泉蛇生态学的研究，结合古地理、古植被、古气候资料来推测中新世前后该地区的生态环境及地质特征，为青藏高原隆升过程对动物形态和生态习性的影响提供资料。因此具有较高的学术价值。
