1699年丹彼尔再次出航，不再是以海盗身份，而是响当当的“皇家海军军官”。他任命指挥罗巴克号军舰考察南太平洋，可以真正的一展身手了。1700年2月中旬，他又来到了当年那片只有“一面之缘”的神秘陆地。但是，此一时不同彼一时，丹彼尔驾船考察了近1000公里的海岸线，发现这里不是什么“大岛”，而是一块真正的新大陆。
他以女王的名义宣布这里为大英帝国的领土，并命名为“新大不列颠”，这就是今天的澳大利亚。丹彼尔继续航行，又发现了一系列的群岛和海峡，通过不懈的努力终于给世人展现了一张完整的南太平洋海图。1700年丹彼尔回国发表了《风论》，在书中对大量气象规律进行了总结，成为海洋气象学史上不朽的名著。1708—1711年，丹彼尔参加了伍德罗·罗吉斯船长的考察队，开始了又一次环球航行。1709年1月当他们行至智利附近一个荒芜人烟的岛屿——胡安·菲南德时，发现了一个身着羊皮的“野人”。起先这个“野人”只会和着手势伊伊呀呀，约莫过了一周他才恢复了说话能力。
他叫亚力山大·塞尔科克是，苏格兰人，1704年因和船长发生纠纷被遗弃在了岛上。凭借惊人的毅力和旺盛的求生本能，他在此生活了4年零4个月。这件事在英国引起了轩然大波，也造就了一代名家丹尼尔·笛福——他那本根据塞尔科克的事迹改编的《鲁滨孙漂流记》也获得了轰动。之所以叫鲁滨孙，是因为丹彼尔曾在著作中记载过一个叫鲁滨(Robin)的印度水手的勇敢事迹，笛福为了记念这位水手就把主人公起名叫“Robinson”，意为“鲁滨之子”。
1715年，63岁的丹彼尔于伦敦病逝。尽管他曾是一名海盗，但他对于科学所作的巨大贡献是无法埋没的。提起丹彼尔的名字，人们最先想到的是“探险家”而非“海盗船长”。在丹彼尔的一生中，不管处于何种环境下，他那颗热爱科学、勇于探求未知的心都从未改变过，地图上至今还有“丹彼尔群岛”和“丹彼尔海峡”的名字。在澳大利亚，人们将丹彼尔当年第一次登上的地方命名为“丹彼尔地”，以此纪念这位伟大的“海盗探险家”。
