婆罗浮屠在历史上没有明确的记载谁是建造者，又是因为什么原因建造的。通过人们对各个时代的文物以及与王氏族谱的铭文进行对比，猜测婆罗浮屠建立于公元800年。
在公元830年的前七十年间，正处于夏连特拉王国的繁华阶段，与此同时，夏连特拉王国受到了三佛齐帝国的不断干扰，导致建造婆罗浮屠的时间比较就，估测在公元830年后五年左右才建造完成。
婆罗浮屠属于佛教的建筑，当时几个不同信仰的国君互相争夺政权，随后婆罗浮屠渐渐被遗弃了，信仰佛教的人们也不再来到此建筑物前朝拜，这种情况引发了人们的两种猜测。第一种，当时统治这个地区的爪哇人改变了信仰，将信仰佛教改为信仰伊斯兰教，于是不再像这个建筑物朝拜。第二种猜测，在婆罗浮屠建造完成后两百年，在建筑地发生了一次火山爆发，人们的生存家园被毁灭了，就连吃的也没有了，人们纷纷逃离此地，于是这个建筑也随之被遗弃。
就在婆罗浮屠被遗弃后，英荷爪哇发生战争，战争从公元1811年持续到公元1816年，英国成为爪哇的统治者，英国的上尉莱佛士对爪哇的历史非常感兴趣，于是就不断地与当地的居民交流，不断地研究此地，最后听说就在这个地区的村庄附近的山林中坐落着一座婆罗浮屠，被遗弃了很多年的婆罗浮屠。于是上尉立即派遣专业的工程师到山林中寻找，工程师带领着他的属下先估测了婆罗浮屠的位置，后渐渐地向婆罗浮屠坐立地位置开路，最终终于找到了婆罗浮屠。工程师立刻将它拍照，拿给上尉看。但由于它埋得太深，无法完全挖出，同时也害怕破坏了建筑，就仅仅挖掘了一小部分。
婆罗浮屠从建造到遗弃再到重见天日，经历有近千年的时间，最终它重见天日人们都认为是上尉的功劳，因为是他命令工程师去寻找并发现了婆罗浮屠，也因此让婆罗浮屠在世间重现。
